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La chirurgie et aussi, dans une moindre mesure, la médecine, deviennent dès lors l'apanage des laïcs.
Parallèlement à cette évolution, à l'instar d'autres corporations, les maîtres et les étudiants vont se regrouper en association. De ces associations naîtront les universités. (Montpellier 1180).Ces universités resteront durant des siècles sous tutelle de l'église et la matière enseignée restera théorique et basée quasi uniquement sur l'étude des textes sacrés et des écrits antiques.

Les chirurgiens, dépréciés par cet édit papal de 1215, seront exclus des universités et seront dès lors considérés comme des artisans. Ils auront progressivement leurs propres écoles et bénéficieront d'un enseignement mixte ; théorique et apprentissage. Ils seront aussi astreints à une obligation de résultats.
Il se créera, en plus une sous-classe de chirurgien, ou plutôt une extension de la fonction de barbiers qui deviendront les « assistants » des chirurgiens. Outre le rasage et la tonsure, ils prendront en charge les saignées, et les soins mineurs (notion toute relative).

 
A partir du XIIIème siècle, il y a donc quatre catégories de soignants. Par ordre d'importance sociale ;

- Les médecins : érudits universitaires ayant faits de longues études uniquement théoriques mais ne pouvant que donner des avis (prendre le pouls et mirer les urines) et rédiger des ordonnances.

- Les chirurgiens : artisans de haut niveau ayant subi un apprentissage théorique et pratique (12 ans pour accéder à la maîtrise) qui ont en charge le soins d'opérer et de traiter les plaies sérieuses.

- Les barbiers : souvent regroupés avec les chirurgiens du fait de la frontière étroite entre leurs prérogatives et les fréquents états de nécessité. Artisans purs ayant pour fonction, en plus de celles de raser et de tonsurer, la prise en charge des « petits actes techniques ».

- Les rebouteux : le plus souvent les seuls recours des indigents et les seuls présents dans les campagnes.

 
Au XIII eme siècle, donc, va se développer une école qui se démarquera radicalement de la tendance « orthodoxe ». Il s'agit de l'école de Bologne.
Plusieurs grands noms de la chirurgie médiévale vont y exercer. Il s'agit de :

-Guillaume de Salicet (1210-1277) Auteur d'une « Cyrurgia » très complète qui se caractérise par une grande harmonie entre la médecine et la chirurgie et un abandon remarquable de la cautérisation (fer rouge) cher à Aboulcassis au profit du bistouri et de la suture.

-Théodoric est l'auteur d'un ouvrage qui se veut encore plus révolutionnaire (1267). Il y affirme clairement qu'il n'est pas utile et qu'il est même contre nature de laisser se développer le pus dans une plaie. L'évolution naturelle d'une plaie laissée à elle-même étant de s'infecter, cette phase était considérée comme normale dans le processus de cicatrisation et était favorisée par des onguents agressifs visant à provoquer une « suppuration louable ».

-Guido Lanfranchi poussera encore plus loin ces théories. Il sera surtout le maître de :
 

Henry de Mondeville
(1263-1320)

Après avoir étudié la médecine et la chirurgie à Bologne puis à Paris, il sera le chirurgien de deux rois de France (Philippe le Bel et Louis X le Hutin). De par sa fonction, il sera amené à fréquenter de nombreux champs de batailles et à mettre au point une technique de soins de blessures sur hommes en armure.

Il sera aussi le plus grand défenseur de la désinfection des plaies et de leur suture précoce.
Il résumera ses vues et techniques dans une monumentale « chirurgie » que la mort empêche d'achever. La partie manquante devait traiter des fractures.

Il sera aussi à l'origine d'une tentative de réconciliation entre les médecins et les chirurgiens et lancera les principes d'une règle éthique qui n'a pas pris une ride :

"Le chirurgien doit être modérément audacieux, ne pas disputer devant les laïques, opérer avec prudence et sagesse et ne pas entreprendre d'opération périlleuse avant d'avoir prévu ce qui est nécessaire pour éviter le danger".